うちの場合はWPが設置されているディレクトリにapacheの書込権限がなかったため、WPのファイル上書きなどでエラーに。
apacheとFTPでログインする時のユーザーのグループに書込権限を与えれば解決。
例:
ドメインのディレクトリを /var/www/html/domain.net
FTPユーザの所属グループをdomainuserと仮定
# cd /var/www/html
# chown apache:domainuser domain.net
# chmod 775 domain.net
# cd domain.net
# find . -type d -exec chmod 775 \{\} \;
で、正常に権限を付与してWPも正常に動くようになった。
簡単に説明すると
1. domain.netのディレクトリの権限を所有者はapache、グループはdomainuserに設定。
2. domain.netのトップディレクトリの書込権限を775（所有者とグループ）に設定
3. domain.netのディレクトリ内のすべてのディレクトリの書込権限を775（所有者とグループ）に設定
