この前、ちょっとした設定ミスでインデックスが削除されまくってたわけですが。
参考: wordpressのパーマリンク変更プラグイン「Permalink Redirect」での301ループに要注意 – hycko.blog
このインデックスは、正常な設定に戻してから1週間ほどで再インデックスが完了してました。
一気に戻るというよりかは、2～3日間かけて再インデックスされる感じでした。
これとは別に、これまたプラグインの設定で一部記事が404になってたわけですが、これも正常な設定に戻してから1週間ほどで再インデックス完了してました。
というわけで、手動ペナルティ以外のインデックス削除に関しては、1週間ほどで元に戻ると思います。